太平洋战争爆发后不久，本田宗一郎就接到了来自军需省的命令：东海精机重工业株式会社必须接受丰田汽车工业公司的注资。
这导致东海精机重工业株式会社中有40％的资本属于丰田汽车工业公司，彻彻底底变成了丰田汽车工业公司的一家子公司。除此此外，本田宗一郎也被挤下台，他的社长职位由丰田汽车工业公司委派的石田退三担任，而他则转为没有实际权力的专务，这也意味着本田宗一郎一手创建的东海精机重工业株式会社成了丰田公司的囊中之物。
时局的动荡让本田宗一郎无能为力，虽然他极不情愿从社长的职位上退下，但如果不这样的话，单凭他一人之力，又能够做些什么呢？
最重要的是，本田宗一郎并不为军需省有此决定而愤慨，但是新上任的社长石田退三与他根本不是志同道合之人。本田宗一郎向来是无拘无束的，让他位居人下，他又怎能开心呢？
东洋国“经营四圣”之一——松下幸之助，其松下电器在第二次世界大战时成为东洋国军方的“兵工厂”，要制造军队需要的战舰和飞机。东海精机重工业株式会社此时也是如此，本田宗一郎在制造活塞环的同时，还要制造战舰和飞机上的零部件。
当时东洋兵器公司找到本田宗一郎，希望他能够制造出专门刨螺旋桨的机器。该公司在二战时负责制造飞机的螺旋桨，可由于使用手动的刨床制造，极其耗时，通常刨一根螺旋桨需要一周时间。于是他们便找到了在发明创造上颇有名气的本田宗一郎。
发明创造工作是本田宗一郎十分热衷的，他欣然答应了时任东洋兵器公司社长川上嘉市的请求。很快，本田宗一郎便开发出了一种“cutter”式的自动刨床。用这种自动刨床，半个小时便可以刨出两根螺旋桨，效率十分惊人。
当时《读卖新闻》为此出了一份特刊，以《螺旋桨增产的凯歌，解放手工劳动》为题，对本田宗一郎大大地褒奖了一番。东洋兵器公司社长川上嘉市更是称其为“东洋国的爱迪生”，这一份肯定与称赞算是对这一时期心情抑郁的本田宗一郎最好的慰藉。
也在这时，本田宗一郎的妻子矶部幸突然罹患中耳炎，病情十分严重。矶部幸的母亲得知后，便赶到本田家帮忙料理与照顾。原本家人都以为矶部幸的病情在静养之后会好转。可一段时间过去了，矶部幸没有丝毫好转的迹象。
矶部幸的母亲考虑到家中的老伴，而且长时间住在女儿家也有诸多不便，便找到本田宗一郎，表示打算将矶部幸接到娘家休养一段时间。本田宗一郎的回答出乎矶部幸母亲的预料，他说：“如果是这样的话，那我也跟着一起回去吧。”
为了更好地照顾妻子矶部幸，本田宗一郎与妻子矶部幸一同搬到了妻子的娘家磐田村。可是每天下来，本田宗一郎仍旧需要从磐田村赶到滨松办公。
1945年1月，东海发生地震，后被称为“三河地震”。在这一场大地震中，共有近2000人丧身。东海精机重工业株式会社的厂房全部倒塌，机器设备也一并葬送在地震中。
同年6月至8月，滨松地区在盟军的空袭和军舰的炮袭下一片狼藉，就连山下町的工厂也难逃此劫，全部遭毁。无奈之下，所有人都被疏散到了矶部幸的娘家磐田村。
即使最好战的霉国也不敢说自己在1945年之后还能否坚持对日作战的强硬姿态与能力，因此从1944年年底开始，其实第二次世界大战就已经出现了即将结束的征兆，东洋国的战败已经成了定局，但东洋国依旧做着最后的挣扎。
1945年4月，霉军在冲绳岛登陆。同年8月，霉军在东洋国的广岛和长崎分别投下了一枚原子弹；接着，驻扎在滨松的东洋军第十五师六十七连以及陆军航空基地、海军无线电通信所全部遭到了炮轰。同年8月15日，东洋国正式宣布无条件投降。
东洋天煌发表投降宣扬当天，夕阳西下后，本田宗一郎回到家中，只见岳父正坐在客厅中，一副伤感的表情。他对本田宗一郎说：“哎，现在的事态很严重啊。”
本田宗一郎原本还不知道岳父为什么会这个样子，直至本田宗一郎从岳父嘴里得知了自己国家的天煌已经向全国、全世界发表了投降宣言，这一个事实让本田宗一郎深受打击……
自从东洋国宣布战败以来，本田宗一郎陷入某种颓败当中，可某天突然对妻子矶部幸说：“我们还是搬回去吧。”矶部幸缓缓地点点头，她不知道丈夫本田宗一郎究竟要做什么。如此一来，他们夫妻从磐田搬回了滨松。虽然滨松当时已是一片废墟，可本田宗一郎并不在乎。
本田宗一郎在滨松的房子也全部被毁，为此他从父亲本田仪平拥有的山上砍伐了一些木材，盖起了一座约为13.5坪（1坪约合3.3平方米）的房子。二战结束前，本田家大约有300坪，可东洋国战败后的一段时间内，官方规定私人建造的房子只能在13坪左右。
战败后的东洋国被霉军占领了，可很多东洋国民众并没因此而感到伤心，他们反倒高呼：“太好了，以后就是皿煮主义了！”“皿煮主义”一词是时任霉国驻日占领军的最高统帅麦跑跑提出的。不过，其实本田宗一郎并不理解这个词汇的深刻含义。
无论如何，在本田宗一郎看来，“一个时代”过去了，东洋国将会进入一个全新的时代。而这个时代到底会给自己带来什么，本田宗一郎依旧如堕云里雾里。可以肯定的是，有些事情本田宗一郎还是握有主动权的，比如说东海精机重工业株式会社。
待到时局稍稍平稳之后，东洋国战时设置的军需省被取消了，这表明东洋国官方实行的“战时产业管制”无以为继。因此，基本上所有的产业都不再受东洋国军部的辖制。可即便如此，对于本田宗一郎来说，这也不是什么好事。
丰田汽车工业公司注资东海精机重工业株式会社始终是不可变更的事实，所以，这家公司无论在战乱时期还是和平时期，都不再是本田宗一郎可以左右的了。
然而，丰田汽车工业公司的相关人员又找到了本田宗一郎，说：“不知道你能不能为我们制造汽车零部件？”本田宗一郎此前曾接到消息，知道霉国占领当局已经发出了“财阀工厂”的解体指令，即在战争中为东洋军方提供资助的工厂都会被扣上“财阀”的帽子，这些工厂的领导者在接受调查确认为“财阀”之后，都要强行被解除职务。同时，自丰田汽车工业公司注资东海精机重工业株式会社、派遣新的负责人——石田退三后，其与本田宗一郎时有摩擦。在本田宗一郎看来，石田退三既不懂技术，又不重视技术，所以他极为愤慨。
二战时，本田宗一郎不得不受制于人；可战争结束了，他便不用再唯丰田汽车工业公司马首是瞻了。因此，本田宗一郎不想为丰田汽车工业公司制造汽车零部件，更重要的是，他不想再继续管理东海精机重工业株式会社这个已经不属于自己的公司了。
随后，他找到了石田退三，表示他要按照自己的个性发展，做自己想做的事情。同时，他将自己所持有的股份全部转让给了丰田汽车工业公司。本田宗一郎一下子获得了45万日元的巨款，按照未来21世纪的日元汇率计算，相当于1.8亿日元。
本田宗一郎将这笔钱全部交给了妻子矶部幸，说：“这笔钱对我来说十分重要，希望你把它存入银行，不要轻易动用。”矶部幸知道丈夫本田宗一郎的某些心思，觉得他将来一定会用这笔钱做出一番大事业。本田宗一郎又说：“现在，军方一手遮天的时代结束了，这实在是太好了，这段时间我什么也不想做，所以只能辛苦你了。”
在此后的一段时间里，本田宗一郎果然赋闲在家，家里的事情他几乎不管，一天到晚在外面闲逛。本田宗一郎日后在回忆这段往事时表示：“我认为，至少需要1年的时间，这个社会的发展才会适合我。”本田宗一郎的估计还是十分正确的，因为当本田宗一郎决定重振旗鼓时，这个（东洋）社会给予了他丰厚的回报。
本田宗一郎虽然闲在家，但并不是真的过着隐士的生活，他对机器还是情有独钟。东海精机重工业株式会社在磐田有一家酒精厂，本田宗一郎花1万日元买了整整一铁桶的药用酒精。然后，他把炒熟的麦子和杉树叶放在酒精里，酿造出了类似于威士忌的酒。
除了自行学习酿酒之外，本田宗一郎更是借助‘赋闲在家’的时间来学习制盐、种粮以及培育后代，同时也通过众多友人或者是昔日同事的‘眼睛’与‘耳朵’获取了许多以往接触不到的信息，这对本田宗一郎在日后重新创业提供了必不可少的基础！.
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